2004年6月，吉林省人民政府办公厅关于印发《吉林省商务厅主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（吉政办发[2004]31号），组建吉林省商务厅，省商务厅是主管全省国内外贸易和对外经济合作的省政府组成部门。划入原省对外贸易经济合作厅的职责；原省政府国内贸易管理办公室的职责；原省经济贸易委员会的内贸管理、对外经济协调、产业损害调查，重要工业品、原材料进出口计划组织实施和全省口岸协调工作等职责；原省发展计划委员会的组织实施农产品进出口计划等职责。 

　　2009年3月，吉林省人民政府办公厅关于印发《吉林省商务厅主要职责内设机构和人员编制规定的通知》（吉政办发〔2009〕27号），设立吉林省商务厅，为省政府组成部门。取消已由省政府公布取消的行政审批事项；取消直接办理与企业有关的评比及品牌评定活动、编报并执行机电产品配额年度进口方案、对引进技术的再出口进行监督的职责；　将外商投资管理职责划给省经济技术合作局；将援外项目招标、主办的相关会展活动等的具体组织工作交给事业单位；　划入原省劳动和社会保障厅拟订中国公民出境就业管理政策，境外就业职业介绍机构资格认定、审批和监督检查等职责；加强内贸工作，推动内外贸融合，搞好市场运行和商品供求状况监测，深化流通体制改革，大力发展现代流通，促进统一、开放、竞争、有序的现代市场体系的建立和完善。 

　　2018年12月，中共吉林省委办公厅、吉林省人民政府办公厅印发《吉林省商务厅职能配置、内设机构和人员编制规定》的通知（吉厅字〔2018〕80号），吉林省商务厅是省政府组成部门，为正厅级，加挂中朝罗先经济贸易合作区领导小组办公室牌子。明确职责分工为省商务厅负责拟订药品流通发展规划和政策，省市场监督管理厅负责药品流通的监督管理，配合执行药品流通发展规划和政策；省商务厅负责拟订促进餐饮服务和酒类流通发展规划和政策，省市场监督管理厅负责餐饮服务食品安全和酒类食品安全的监督管理。